こんにちは、皆見です。
ECサイトを作る場合、色々と制作会社は多いと思いますが、特に通販サイト運営はノウハウの塊ですから、できるなら自前で通販サイトを運営している制作会社をえらぶようにしましょう。
作ったきりでそのまま放置の会社や、商品情報のメンテナンスだけを行う制作会社など多いですが、EC開設後の運用フローやバックヤード業務の仕組化、商品プロモーション、広告に関するアドバイスをしてくれそうなところがいいです。
サイト自体は通常のホームページ同様、小さく作って、大きく育てる方向でよいと思います。